En Independiente.
Sergio Aguero se incorporó a Independiente desde muy temprana edad, recorriendo varias categorías de inferiores del club. Debutó el 5 de julio de 2003 en la primera división de Independiente, contra San Lorenzo de Almagro, con apenas 15 años, 1 mes y 5 días, convirtiéndose en el jugador más jóven en jugar un partido de fútbol en la historia del fútbol argentino. Siempre se ha desempeñado en su club de orígen.
Convirtió su primer gol en primera división el 26 de noviembre de 2004 ante Estudiantes de La Plata a los 23 minutos del primer tiempo, partido que finalizaría empatado en dos tantos. Inolvidable fue el golazo que le marcó a Racing, clásico rival de Independiente, gambeteando rivales desde mitad de campo y dejando tirado a un último defensor rival dentro del área, para ahí sí definir de zurda y marcar el gol por sobre el arquero, que lo miraba asombrado por la jugada que realizó. Este partido lo terminó ganando Independiente por 4 a 0.
Popularmente es conocido por su pintoresco apodo: “Kun”. Dicho apodo se lo pusieron cuando Agüero era niño y deriva de un dibujo animado japonés a causa de que Sergio imitaba todo lo que hacia el dibujo animado. El personaje japonés se llama realmente Kum Kum El Cavernícola (Wanpaku Omukashi Kum-Kum) pero los hermanos más pequeños del futbolista sólo podían pronunciar Kun.
El domingo 14 de mayo de 2005 jugó en la ciudad de Rosario su último partido como jugador de Independiente, ante Rosario Central.
Sergio Aguero se ganó el corazón de los Hinchas de Independiente, convirtiéndose en un ídolo mas de la gran hinchada.
En Atletico Madrid.
Anotó su primer gol en la liga en la tercera jornada de la temporada 2006-2007, y como dato curioso, en la jornada 6, en el partido que enfrentaba al Atlético de Madrid contra el Recreativo de Huelva, el Recreativo iba ganando 0-1 con un tanto de Javi Guerrero, que después igualó Fernando Torres de penalti, y en la franja psicológica del partido, “el Kun” emuló a Diego Armando Maradona, al convertir un gol con la mano.
Pero esa primera temporada el kun no brilló excesivamente, a pesar de dejar buenas sensaciones en varios encuentros. Ha sido en el comienzo de su segunda temporada, ya sin Torres a su lado, cuando el Kun ha empezado realmente a triunfar, convirtiéndose en el máximo goleador momentáneo de la liga con cingo goles en seis partidos, convirtiéndose en el ídolo de la afición.
